Программа требует Ruby 1.9+, на 1.8 даже не пробуйте запускать. Также нужен php5 (CLI). На Windows лучше, если оба интерпретатора прописаны в PATH. Для GUI нужен wxRuby.
Если вы хотите записать программу на флешку, скиньте куда-нибудь Ruby с установленным wxRuby (можно просто скопировать все файлы из уже установленного) и PHP.
Затем надо отредактировать файл morphology.rb, прописать там путь к PHP.
Запускать через батник или командную строку.
##Документация
Основная документация находится в папке doc, собирается командой make. Она написана на XeLaTeX.